あらすじ
西暦2059年。超長距離移民船団マクロス・フロンティアに、マクロス・ギャラクシー船団出身のトップシンガー、シェリル・ノームがコンサートのために来艦する。そんなシェリルに憧れる女子高生、ランカ・リーは、念願だったシェリルのコンサートに急ぐ途中、パイロット養成コースの高校生、早乙女アルトと出会う。そんな中、突如フロンティアは未知なる敵と遭遇。しかも敵は地球人でも異星人でもなく、未知の宇宙生物だった！ 強力な攻撃能力により、次々とダメージを受ける新統合軍部隊…。 やがて宇宙生物は市民たちの居住エリアに侵入。平和な宇宙船の中も、ひとたび戦闘状態となれば、人工的な環境制御が停止してしまう危険性をはらんでいるのだ。事態の収拾に向け、ランカのたった一人の身よりである兄・オズマ率いる特殊軍事部隊S.M.SのVF-25部隊が出動する。はたして、宇宙生物の目的は？そしてマクロス・フロンティアの運命は…！？