あらすじ
舞台はシンオウ地方。その地方のフタバタウンには1人の女の子がいた。彼女の名はヒカリ。母親のアヤコは過去にポケモンコーディネーターの頂点「トップコーディネーター」に立った有名人。アヤコに憧れるヒカリは自分もトップコーディネーターになることを目標としていた。10歳になって旅立ちの日を迎えたヒカリは、マサゴタウンに研究所を受け持つナナカマド博士から貰ったペンギンポケモン・ポッチャマと共にポケモンコンテストを巡る旅に挑んでいく。 その頃、カントー地方のバトルフロンティアを制覇しハルカとマサト姉弟・タケシと別れた後、サトシはピカチュウとエイパムを連れて、シンオウリーグ出場を目指すためにシンオウ地方へ。しかし、後を追って来たロケット団の襲撃でピカチュウが吹っ飛ばされてしまう。 サトシはエイパムと共に必死にピカチュウを探し始める。その最中、ブリーダー修行を続けるためにウソハチとともに旅を再開したタケシと偶然出会い、行動をともにする。一方、サトシとはぐれたピカチュウは旅を始めたばかりのヒカリに発見されていた。ナナカマド博士の導きで合流したサトシ達は、それぞれの目標のために3人で旅をすることになる。